2004/05年赛季，新合并的因戈尔施塔特在第四级的巴伐利亚州级联赛中角逐，首季即获得亚军的成绩。翌季更轻易赢取冠军锦标赛及升级。2006/07年首季在地区联赛南部赛区打拼获得第五位，翌季夺得亚军及升级德乙。2008/09年赛季上半程排第12位，但歇冬后只录得6和5负不胜的劣积，排名联赛尾二，于2009年4月21日解雇主教练托尔斯滕·芬克（Thorsten Fink）。2014/15年赛季获得德乙冠军升级至德甲。[1]。
因戈尔施塔特在2015-16 赛季德甲
联赛中排名第 11 ，但次年他们跌至第 17 位，并被降级至德乙。
在2018-19德乙赛季因戈尔施塔特以第16位作收，在升降级附加赛中，两回合总比分4–4。韦恩威斯巴登凭借客场进球制度胜出，并升入来季德乙，而因戈尔施塔特04则降入德丙。
在2019-20挑战德乙升降级附加赛，两回合总计3–3。最终纽伦堡凭借客场进球制度，以致因戈尔斯塔特2020-21续留德丙。
在2020-21德丙赛季，因戈尔施塔特以第3位的成绩再次挑战升降级附加赛，首回合3-0完胜奥斯纳布吕克给了他们优势进入第二回合。尽管次回合1-3负于对手，因戈尔施塔特靠着总比分4-3获胜，晋级2021-22德乙赛季。